Il depuratore di Is Meis era caratterizzato dal classico schema a fanghi attivi semplificato, senza sedimentazione primaria e privo di fasi di eliminazione dell'azoto e del fosforo. Lo schema di funzionamento originario, suddiviso tra linea reflui e linea fanghi, può essere descritto come segue:
- LINEA REFLUI. Trattamenti primari: grigliatura; desabbiatura. Trattamenti secondari: ossidazione-nitrificazione; sedimentazione secondaria. Trattamenti terziari: clorazione.
- LINEA FANGHI. Ispessimento. Nastropressa. Letti di essiccamento.
Come si evinceva dai referti analitici sui reflui nei periodi di maggior carico, ovvero nel periodo agostano, si riscontravano parametri dei reflui in uscita buoni ma non in perfetta linea con i nuovi parametri desunti dal D.Lgs 03/04/2006 n. 152 “Norme in materia ambientale”.

L'impianto di depurazione di progetto è anch'esso del tipo a fanghi attivi con trattamento dei fanghi e dei reflui più spinto. È concepito per circa 3000 abitanti equivalenti, per tener conto delle nuove portate provenienti dal centro abitato.
Il sistema prevede le seguenti fasi di trattamento:
- LINEA REFLUI. Trattamenti primari: grigliatura; desabbiatura automatizzata. Trattamenti secondari: denitrificazione; ossidazione-nitrificazione (doppia linea); sedimentazione secondaria (doppia linea). Trattamenti terziari: clorazione.
- LINEA FANGHI. Ispessimento. Nastropressa. Letti di essiccamento.

Il funzionamento dell'impianto così concepito consente in definitiva di assorbire con sufficienti garanzie le nuove portate in previsione, di abbattere i valori dell'effluente nel rispetto della nuova normativa e si presta al futuro completamente con integrazione di un'ulteriore linea di trattamento. La soluzione ipotizzata meriterebbe infatti una fase di defosfatazione al posto del dosatore in vasca attualmente previsto ed una ulteriore linea per il trattamento delle portate desumibili da probabili incrementi della popolazione residente e di quella turistica.

Le analisi preliminari ed i dati di partenza tengono difatti conto di una situazione di emergenza alla quale dare risposta in termini immediati con esigue risorse a disposizione e non possono dunque dare risposta ai criteri correnti di dimensionamento, che prevedono sovradimensionamenti di sicurezza e di previsione. Gli incrementi in essere danno buona risposta alle esigenze attuali, verificate dai prelievi effettuati e dalla visione dei dati sulle portate, ma non prendono in considerazione, come detto, sviluppi futuri o situazioni eccezionali, che saranno risolti con l'integrazione del depuratore grazie ai fondi già stabiliti per tale progetto ma non ancora disponibili.